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lncRNA 和 mRNA 共表達(dá)分析

Demo 結(jié)果

lncRNA 和 mRNA 共表達(dá)分析

通過(guò)關(guān)鍵 lncRNA 的共表達(dá) mRNA 預(yù)測(cè)出其功能

結(jié)果解讀

網(wǎng)絡(luò)圖為篩選出的核心基因之間的關(guān)系,通過(guò)圖論的方法計(jì)算出關(guān)鍵 lncRNA 與 mRNA,并通過(guò)關(guān)鍵 lncRNA 的共表達(dá) mRNA 預(yù)測(cè)出其功能。


lncRNA 和 mRNA 共表達(dá)分析介紹

共表達(dá)網(wǎng)絡(luò)圖(Coexpression Network)是根據(jù)基因表達(dá)信號(hào)值的動(dòng)態(tài)變化,計(jì)算基因間的共表達(dá)關(guān)系,得到基因間的表達(dá)調(diào)控關(guān)系及調(diào)控方向,從而構(gòu)建基因的表達(dá)調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。通過(guò)研究 lncRNA 與 mRNA 的共表達(dá)關(guān)系,研究者可通過(guò)分析 lncRNA 調(diào)控能力,獲得樣本隨實(shí)驗(yàn)變化的核心調(diào)控 lncRNA。

分析要求

每組數(shù)據(jù) 3 個(gè)或 3 個(gè)以上生物學(xué)重復(fù),每個(gè)樣本均含有 lncRNA 與 mRNA 數(shù)據(jù),差異基因或者關(guān)注的部分基因。

提供結(jié)果

1、圖片文件(Network 圖),包括 png,PDF 格式;

2、Cytocape 文件:可以 cytoscape 打開(kāi)進(jìn)行細(xì)節(jié)調(diào)整;

3、文本文件:基因之間共表達(dá)相關(guān)性以及顯著性,lncRNA,mRNA 核心共表達(dá)的排序。

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