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ceRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)

Demo 結(jié)果

DEMO 結(jié)果

DEMO 結(jié)果 2

結(jié)果解讀

通過展示不同基因的 ceRNA 的調(diào)控機(jī)制,從中挖掘出實(shí)驗(yàn)組與對(duì)照組不同類型的 ceRNA 機(jī)制,找到特異性的 ceRNA。線代表不同的 microRNA,藍(lán)色為 mRNA,紅色為 circRNA,綠色為 lncRNA。


ceRNA 調(diào)控網(wǎng)絡(luò)介紹

建立了一個(gè)計(jì)算的機(jī)制來使 circRNA(lncRNA) 作為 ceRNA 來保護(hù) mRNA 不受 miRNA 的降解。基于基因的表達(dá)值,通過回歸模型分析以及種子序列的匹配的方法,建立 microRNA 的海綿吸附作用的調(diào)控網(wǎng)絡(luò)。

分析要求

1、客戶需要提供 microRNA 表達(dá)數(shù)據(jù)(可選),circRNA(lncRNA) 表達(dá);

2、數(shù)據(jù)(必選),mRNA 表達(dá)數(shù)據(jù)(必選);

3、每組數(shù)據(jù) 3 個(gè)或 3 個(gè)以上生物學(xué)重復(fù)。

提供結(jié)果

1、圖片文件(Network 圖),包括 png、PDF 格式;

2、Cytocape 文件:可以 cytoscape 打開進(jìn)行細(xì)節(jié)調(diào)整;

3、文本文件:基因之間 ceRNA 調(diào)控關(guān)系,調(diào)控分?jǐn)?shù),circRNA(lncRNA)microRNA,mRNA 核心調(diào)控關(guān)系的排序。


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